工程抵款合同发生纠纷怎么办

1、和解，即双方在针对争议部分进行沟通后相互理解达成共识。
2、协调，是指在有关部门的协调下，对争议部分予以明确，使争议双方能够解决争议问题。
3、仲裁，指对争议问题作出具有法律约束力的书面裁决，争议方可以根据合同约定或争议发生后达成的书面协议，提交仲裁机构对争议问题提请仲裁。
法律依据：《劳动合同法》第三十条用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。