船舶登记国和船旗国不同怎么处理

一般来说，船旗国就是这个船的“国籍”，而登记国，是一只船隶属哪个公司，这个公司是什么国，他就在这个国家登记。
《中华人民共和国船舶登记条例》第三条船舶经依法登记，取得中华人民共和国国籍，方可悬挂中华人民共和国国旗航行;未经登记的，不得悬挂中华人民共和国国旗航行。
第四条船舶不得具有双重国籍。凡在外国登记的船舶，未中止或者注销原登记国国籍的，不得取得中华人民共和国国籍。