结婚证在男方手里，民政局没档案，应该怎么立案

首先，民政局说没有档案的说法，是不妥当的。因为根据《婚姻登记条例》第十五条规定，婚姻登记机关应当建立婚姻登记档案。婚姻登记档案应当长期保管。
其次，该案例属于女方想离婚，但是男方又不配合。那么很显然双方不适合采取协议的方式离婚。女方只有单方面到法院进行起诉，选择诉讼的方式离婚。
同时，女方在起诉的时候应该向法院说明，自己没有携带结婚证等证件的原因。并在起诉书中写明双方的基本情况和诉求，以便法院进行核实。根据《民事诉讼法》第一百二十一条规定，起诉状应当记明下列事项：
(一)原告的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所、联系方式，法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务、联系方式；
(二)被告的姓名、性别、工作单位、住所等信息，法人或者其他组织的名称、住所等信息；
(三)诉讼请求和所根据的事实与理由；
(四)证据和证据来源，证人姓名和住所。