小书店被出版社起诉侵权怎么处理

侵权的处理方式有：
1、注册人或者利害关系人向人民法院起诉；
2、请求工商行政管理部门依法进行处理；
3、权利人和侵权人自行协商进行处理。侵犯注册商标专用权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
法律依据：
《中华人民共和国商标法》第六十条