犯罪超过追诉时效要怎样处理

依据我国刑法的规定，侦查机关已经对案件进行立案侦查的，案件是不受追诉时效限制的，案件自然不会超过追诉时效。
相关法律规定
《中华人民共和国刑法》
第八十八条【追诉期限的延长】在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。
被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，不受追诉期限的限制。
第八十九条【追诉期限的计算与中断】追诉期限从犯罪之日起计算犯罪行为有连续或者继续状态的，从犯罪行为终了之日起计算。
在追诉期限以内又犯罪的，前罪追诉的期限从犯后罪之日起计算。