员工恶意毁坏公司资料要怎样处理

公司的资料是企业经营者的重要经营信息、商业秘密和无形资产，员工故意毁坏公司资料是破坏生产经营的行为，如果造成较重大损失或者其他严重后果，可以按破坏生产经营罪追究刑事责任。
《刑法》第二百七十六条规定，由于泄愤报复或者其他个人目的，毁坏机器设备、残害耕畜或者以其他方法破坏生产经营的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定
（一）》第三十四条规定了破坏生产经营罪的应予立案标准：
第
（一）造成公私财物损失五千元以上的；
第
（二）破坏生产经营三次以上的；
第
（三）纠集三人以上公然破坏生产经营的；
第
（四）其他破坏生产经营应予追究刑事责任的情形。