运输合同纠纷案件应当由哪里的法院管辖

因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。

上述3个地方各人民法院对这类运输合同纠纷都有管辖权，当事人可以选择其中一个法院起诉。

另外，海上运输合同纠纷案件由海事法院管辖。运输合同是承适人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。

【法律依据】

《民事诉讼法》第二十七条，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。